Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1027717	1027756	40	93 [0]	[0] 10	malX	fused maltose and glucose‑specific PTS enzyme IIBC components

GGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACC  >  minE/1027676‑1027716                                         | ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGTcc  <  1:1795810/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2767537/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2977906/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2935163/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2907679/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2890797/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2888160/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2848255/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2829043/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2824848/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2792044/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3005083/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2742889/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2736303/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2735108/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2679690/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2649152/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2622461/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2546523/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2456499/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2382463/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2312271/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:620223/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:99486/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:980927/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:960237/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:94919/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:947461/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:938276/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:793281/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:738778/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:723088/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:670354/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1040452/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:57967/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:423470/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:409906/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:402631/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3235166/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3225710/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3219679/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3215439/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3210596/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:3073078/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1341058/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1124418/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1627263/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1612817/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1555500/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1129583/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1140468/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1446205/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1145329/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1647246/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1335631/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1335102/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1285617/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1281097/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1258299/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1169978/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1216887/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1176112/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1971141/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1001874/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:107891/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2163036/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2090070/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2036104/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:198602/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1088909/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1960240/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1955237/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:110527/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1115190/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1849966/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1769659/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1727648/41‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1673931/41‑1 (MQ=255)  tcTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2569413/39‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2181906/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:696518/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:558589/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1435968/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1527784/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1923094/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1937895/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2419810/40‑1 (MQ=255)  gCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2249343/40‑1 (MQ=255)   cTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:605828/39‑1 (MQ=255)   cTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:361147/39‑1 (MQ=255)   cTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:2652319/39‑1 (MQ=255)   cTTGGGCCATAAGATAAACAGCGCGGGGGATTTCGGAcc  <  1:1639704/39‑1 (MQ=37)    ttGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGAcc  <  1:1464885/38‑1 (MQ=255)                                         | GGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACC  >  minE/1027676‑1027716

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑