Missing coverage evidence...
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ACGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGTTA  >  minE/1027904‑1027966                                                              |  aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2523389/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:815952/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:55471/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:4058/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:3208172/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:3066926/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2933256/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2897150/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2884626/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2779838/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2648393/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2619428/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2486964/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2424591/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2106275/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2032797/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1905250/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1655956/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1589175/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1568913/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1369165/62‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:12748/62‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1117946/61‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:2867774/61‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:3166188/61‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1441793/61‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:3227696/61‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGtt   <  1:1352685/61‑1 (MQ=255)  cgcgTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGTTa  >  1:2300307/1‑62 (MQ=255)                                                              |  ACGCGTTTCCTTTCGCAAGGTAAAATGCCTGCGTTTCTCGGCGGTCTGCCAGGTGCAGCGTTA  >  minE/1027904‑1027966

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑