Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1039438	1039503	66	25 [0]	[0] 43	nth	DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase

CCCGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCTA  >  minE/1039378‑1039437                                                            | cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2118696/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:880048/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:754884/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:438695/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:35034/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:3233052/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:3018694/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:299376/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2794247/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2775008/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2667356/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2395276/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2217206/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1036977/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:2040164/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1798356/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:156184/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1528517/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1468619/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1421422/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1370308/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1342939/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1182675/60‑1 (MQ=255) cccGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1054383/60‑1 (MQ=255)       ggCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCta  <  1:1434159/54‑1 (MQ=255)                                                            | CCCGGTGGCGAATACGCCTGCAGCGATGCTTGAACTGGGCGTTGAAGGGGTGAAAACCTA  >  minE/1039378‑1039437

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑