Missing coverage evidence...
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GTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAG  >  minE/1044243‑1044294                                                    | gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATTCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2169759/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2947165/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1004682/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2617850/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2630059/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2664640/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2734756/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2866502/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2941510/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2385908/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:3093743/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:3167858/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:3202359/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:440795/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:54762/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:56360/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:624526/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:782322/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1785057/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1115013/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1300188/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:13149/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1339618/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1387580/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1598717/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1604028/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1924091/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:20498/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2065617/52‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2206376/52‑1 (MQ=255)  tCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1862021/51‑1 (MQ=255)  tCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2209300/51‑1 (MQ=255)  tCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2642800/51‑1 (MQ=255)  tCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1435384/51‑1 (MQ=255)  tCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:3269272/51‑1 (MQ=255)  tCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2557046/51‑1 (MQ=255)   cAGGCCAAACACCTTATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1858067/50‑1 (MQ=255)   cAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCTGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:690227/50‑1 (MQ=255)      gCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:2262924/47‑1 (MQ=255)            cacCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAg  <  1:1933981/41‑1 (MQ=255)               cTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCTATACCAg  <  1:64905/38‑1 (MQ=255)                                                    | GTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGATACCAG  >  minE/1044243‑1044294

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑