Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1048414	1048422	9	54 [0]	[0] 3	slyA	DNA‑binding transcriptional activator

GCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTGTAACGTAAC  >  minE/1048352‑1048413                                                              | gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTTGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:414275/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:478575/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2607873/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2612533/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1050890/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2652819/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2868795/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2940301/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2994277/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:3036312/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:3190806/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:388120/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2649885/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:509732/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:521867/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:537144/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:559878/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:568982/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:746449/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:815398/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:860529/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:860775/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:959838/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:994809/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2087026/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1058491/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1094794/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1109832/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1222194/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1301393/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1422734/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1618630/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:173678/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1804570/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1848095/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1900287/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1957109/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2561656/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2126712/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2151860/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2161175/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2215667/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2388043/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2486201/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2501520/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGGgtaacgtaac  <  1:2742051/62‑1 (MQ=255) gCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTCGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2898681/62‑1 (MQ=255)  cTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2235008/61‑1 (MQ=255)  cTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2747148/61‑1 (MQ=255)  cTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:1293352/61‑1 (MQ=255)   ttttGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2913724/60‑1 (MQ=255)      tGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:3058579/57‑1 (MQ=255)              gAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:88977/49‑1 (MQ=255)                aTTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTgtaacgtaac  <  1:2291850/47‑1 (MQ=255)                                                              | GCTTTTGCCAGTTGAATTTGCGACTGGTCTGGAGGTAACTGATGGATATTGTGTAACGTAAC  >  minE/1048352‑1048413

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑