Missing coverage evidence...
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ACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCG  >  minE/1068579‑1068640                                                              | acacGCAACTGGTGGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:566617/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGTTTCCTCg  <  1:2734446/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:337590/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:993354/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2672056/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:3011324/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:3060930/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:3119992/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:320825/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:3230428/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2406295/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:639155/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:661921/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:774110/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:807712/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:900142/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:954728/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2358029/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1311370/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1328339/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:140882/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1603724/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1728641/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1808412/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1819928/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1947720/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1950857/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2134670/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2160578/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2204297/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:225020/62‑1 (MQ=255) acacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTAGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1036815/62‑1 (MQ=255)  cacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2011103/61‑1 (MQ=255)  cacGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:940604/61‑1 (MQ=255)             tCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:1113833/50‑1 (MQ=255)                         gTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCg  <  1:2424126/38‑1 (MQ=255)                                                              | ACACGCAACTGGTCGCGCCGCAGCGTTGCAGAACACTCTTCAACTGGGTCTGTGCTTCCTCG  >  minE/1068579‑1068640

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑