Missing coverage evidence...
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GTCGACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATC  >  minE/1097032‑1097092                                                             | gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2713043/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:978510/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:793205/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:731675/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:72418/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:715487/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:677760/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:64570/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:52876/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:3239629/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:3212698/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2905205/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2841855/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2726155/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:1021184/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2652002/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2632252/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2625004/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2618670/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2547988/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2507219/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2375345/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2186221/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:2170195/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:1603088/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:1568045/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:1223598/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:1102022/61‑1 (MQ=255) gtcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGAGACATGACGTTACCCGATc  <  1:1577920/61‑1 (MQ=255) ggcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTCCCCGATc  <  1:73751/59‑1 (MQ=255)  tcgACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATc  <  1:711422/60‑1 (MQ=255)                                                             | GTCGACGGCAGCGGCCCGCTAATTAAAGCCATTTCCAGCGGTGACATGACGTTACCCGATC  >  minE/1097032‑1097092

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑