Missing coverage evidence...
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AACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAT  >  minE/1109041‑1109101                                                             | aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2138724/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:985145/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:952540/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:824760/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:636549/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:430363/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:3290847/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2973510/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2744734/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2628324/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2575354/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2528497/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2376560/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1066010/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2134967/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2109757/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2062854/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:2007552/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1861769/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1798444/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1563829/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1406781/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1252234/61‑1 (MQ=255) aaCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1191426/61‑1 (MQ=255)  aCCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1860275/60‑1 (MQ=255)  aCCACATCTCCCGCTGTAAACGAAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAt  <  1:1877171/60‑1 (MQ=255)                                                             | AACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAAT  >  minE/1109041‑1109101

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑