Missing coverage evidence...
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ATACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATCC  >  minE/1110126‑1110187                                                              | aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATTCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:242759/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTGGCAAGATcc  <  1:3105101/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3249032/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2629439/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:308232/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3114649/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3122131/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3175582/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3177844/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3230622/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:3246586/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:937547/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:37012/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:379475/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:422464/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:47803/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:482837/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:561709/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:639469/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:859050/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:891265/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1789114/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1216614/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1244579/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1333753/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1485265/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1618555/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:167812/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1730113/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1741817/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1750042/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1759311/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1865131/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1878974/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1979405/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2169522/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1198840/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1183354/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1126448/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2232096/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2247384/62‑1 (MQ=255) aTACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2320208/62‑1 (MQ=255)              cTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:1001209/49‑1 (MQ=255)               tGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2706254/48‑1 (MQ=255)                     aaaGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:303565/42‑1 (MQ=255)                          tGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2366373/37‑1 (MQ=255)                           gCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATcc  <  1:2726722/36‑1 (MQ=255)                                                              | ATACAAACGTGAGCTGGAACAAAGCTGCGTCATGCGTGATATGCAGCATTTTCGCAAGATCC  >  minE/1110126‑1110187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑