Missing coverage evidence...
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CGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAC  >  minE/1125045‑1125106                                                              | cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2337148/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:909393/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:884567/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:790176/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:46656/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:457473/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:3175241/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:3173162/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:3090078/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:302896/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2809725/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2782679/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2655154/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2564170/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2483708/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1038856/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:222679/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2187659/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:2072940/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1938074/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1880544/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1773029/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1721774/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1613387/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1488826/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1484995/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1465374/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1408262/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1277407/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1253657/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:1133827/1‑62 (MQ=255) cGCACCAACCGGAACGATTTCCAGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAc  >  1:3266017/1‑62 (MQ=255)                                                              | CGCACCAACCGGAACGATTTCCGGTTGAACCAGCGGCAGCTGGTTCAGCACGGCAACGTCAC  >  minE/1125045‑1125106

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑