Missing coverage evidence...
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CCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATC  >  minE/1139334‑1139395                                                              | ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2932430/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:927867/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:842931/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:835970/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:796736/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:726119/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:674940/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:657439/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:53087/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:477150/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:461021/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:420930/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:3285110/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:3202399/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2992083/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2967536/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1049600/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2781284/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2559751/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2463698/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2224520/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2035297/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1894730/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1756827/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1557019/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1461539/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1352586/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1207916/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:1200782/1‑62 (MQ=255) ccccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:108262/1‑62 (MQ=255) caccTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcatc  >  1:2211215/3‑62 (MQ=255)                                                              | CCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATC  >  minE/1139334‑1139395

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑