Missing coverage evidence...
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ATCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTT  >  minE/1139608‑1139669                                                              | aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTTGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:1416014/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:2769297/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:701963/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:688415/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:670627/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:654339/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:590054/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:565811/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:541085/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:336236/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:331048/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:3254268/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:3239805/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:1414308/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:2583217/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:2469137/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:2313914/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:2214761/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:2194684/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:1979552/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:1754931/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:1534866/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  >  1:1424312/1‑62 (MQ=255) aTCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCAGCGCCGGtt  >  1:1953559/1‑62 (MQ=255)  tCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  <  1:2939335/61‑1 (MQ=255)  tCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  <  1:3297669/61‑1 (MQ=255)  tCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  <  1:1612113/61‑1 (MQ=255)  tCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  <  1:1539818/61‑1 (MQ=255)  tCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  <  1:836014/61‑1 (MQ=255)   ccATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGtt  <  1:2020154/60‑1 (MQ=255)                                                              | ATCCATCGCCAGTTTCGCCGCCTCTTTCGGTGCAACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTT  >  minE/1139608‑1139669

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑