Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1208251	1208266	16	7 [0]	[0] 4	manZ	mannose‑specific enzyme IID component of PTS

GTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCC  >  minE/1208189‑1208250                                                              | gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:1364467/62‑1 (MQ=255) gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:139773/62‑1 (MQ=255) gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:2588115/62‑1 (MQ=255) gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:2721991/62‑1 (MQ=255) gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:2753129/62‑1 (MQ=255) gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:3217774/62‑1 (MQ=255) gTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTcc  <  1:899610/62‑1 (MQ=255)                                                              | GTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCC  >  minE/1208189‑1208250

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑