Missing coverage evidence...
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CTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTACC  >  minE/1258876‑1258937                                                              | cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGTAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1629441/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2775373/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1961688/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1997756/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2199009/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:220751/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2399981/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2401568/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2465800/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2472595/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2706637/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1910834/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:2794821/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:303839/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:3203946/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:3243197/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:359260/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:433268/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:576473/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:696248/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:82334/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1560013/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1034756/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1076872/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1178076/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1211156/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1217130/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1442795/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:148130/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1494114/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1024864/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1594830/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1601247/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1636287/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:165685/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1706412/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1727126/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1743411/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:188915/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1897476/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTATCGTCGGAGGTAcc  >  1:2796617/1‑62 (MQ=255) cTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGAGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTAcc  >  1:1430973/1‑62 (MQ=255)                                                              | CTGTGTAAACGGTGTGCCGGATGTGCGGTCAGAAGCTGTAACTGCTTCTCGTCGGCGGTACC  >  minE/1258876‑1258937

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑