Missing coverage evidence...
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GGTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTA  >  minE/1304209‑1304264                                                        | ggTGCTGGCCCAGGCGAATACTCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1816628/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCTACCGACTGGGAATTa  >  1:2835962/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGCCTGGGAATTa  >  1:2136648/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:3263231/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2196918/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2436509/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2449163/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2533389/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2575877/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2700507/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2858030/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:323572/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2057654/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:3288902/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:381948/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:564551/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:574598/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:656484/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:661618/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:683722/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:749163/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:763969/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:826414/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1721070/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:107731/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1082313/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1171702/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:117847/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:127784/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:133992/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1403735/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1444467/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1455203/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1677794/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1040836/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1740518/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1788884/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1813974/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1826867/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1844649/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1877092/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1912498/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:1943458/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTa  >  1:2053867/1‑56 (MQ=255) ggTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGACGACCGACTGGGAATTa  >  1:219438/1‑56 (MQ=255)                                                        | GGTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACTGGGAATTA  >  minE/1304209‑1304264

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑