Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1317959	1317971	13	25 [0]	[0] 2	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

GTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGATT  >  minE/1317897‑1317958                                                              | gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2474476/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:997336/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:904806/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:648448/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:499158/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:492454/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:415287/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:3059439/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2787320/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2743977/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2694189/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2617848/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:1071295/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2293028/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2084967/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:184410/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:1712360/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:1383556/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:137757/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:1263960/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:1211457/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGGCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2853287/62‑1 (MQ=255) gTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTATTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2135266/62‑1 (MQ=255)  tATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:2070079/61‑1 (MQ=255)  tATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGAtt  <  1:1595564/61‑1 (MQ=255)                                                              | GTATCTTGTGTGATATCTTCGCCAGTCTGTTGAATCTGCGGTTTTGTCACCTGCGCCTGATT  >  minE/1317897‑1317958

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑