Missing coverage evidence...
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ACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTGCGG  >  minE/1344486‑1344547                                                              | acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:3016570/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2611617/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2632054/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2638936/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2658745/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2676899/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2776827/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2925672/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:3005155/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2560252/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:3030074/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:304174/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:3134405/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:3263187/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:53466/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:578704/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:60776/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1000110/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2492350/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2473681/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2403632/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2291231/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2256974/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2250854/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:2106669/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1968481/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1897899/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1842974/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1755743/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1629351/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1385055/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1340504/62‑1 (MQ=255) acacAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTgcgg  <  1:1128789/62‑1 (MQ=255)                                                              | ACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAGACAGTTGATGTTCTGCGG  >  minE/1344486‑1344547

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑