Missing coverage evidence...
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TCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATC  >  minE/1378543‑1378603                                                             | tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCTGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1378785/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1946827/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:995993/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:980066/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:925531/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:600481/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:520374/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:3162241/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:2801714/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:2625309/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:2579807/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:2292574/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:2068600/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:205227/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1993729/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1070098/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1910920/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1903910/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1815777/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1803097/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1724611/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1628113/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1597193/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1544631/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1223682/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1115743/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1097731/61‑1 (MQ=255) tCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:1076542/61‑1 (MQ=255)  cAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATc  <  1:2924218/60‑1 (MQ=255)                                                             | TCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATC  >  minE/1378543‑1378603

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑