Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	107492	107500	9	88 [0]	[0] 5	pdhR	DNA‑binding transcriptional dual regulator

CGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCA  >  minE/107435‑107491                                                         | cGCCCCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:583867/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGATGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:468958/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGTAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:649747/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2960398/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3165972/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3107909/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3086273/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3068431/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3033016/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3028324/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2997677/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2996252/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2985323/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2971248/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3182232/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2951785/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2936332/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2912599/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2886155/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2844027/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2837102/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2753701/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2652987/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2652940/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:549664/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:921089/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:835851/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:778055/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:772007/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:752388/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:751662/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:688194/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:660295/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:655476/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:317511/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:52315/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:356714/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:350655/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:346531/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:338984/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3224944/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:321179/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:3183758/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2616471/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1498777/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1850731/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1843357/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:182199/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:178928/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1650638/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:161643/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1608187/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1589600/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1579333/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1533457/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1865122/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1433332/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1369929/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1369186/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1315292/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1299772/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1290083/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1248907/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1235156/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1143287/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1135796/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2161621/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2608215/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2554423/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2542849/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2428629/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2424857/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2396333/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2386981/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2328597/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2249008/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:217604/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1125278/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2135484/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2118911/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2107085/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2067494/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:2012959/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1968624/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1956073/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1955937/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:1938424/1‑57 (MQ=255) cGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAgca  >  1:191757/1‑57 (MQ=255)                                                         | CGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCA  >  minE/107435‑107491

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑