Missing coverage evidence...
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TCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGT  >  minE/1407980‑1408041                                                              | tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2923683/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2522973/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2577618/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:700151/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2637399/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:630321/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2701498/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2705297/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:600782/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:390670/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2498094/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2958689/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2967225/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:3094255/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:3094532/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:3147308/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:3170459/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:343492/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:367136/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:370466/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1977414/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1017486/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:829500/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1277336/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1360970/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1390627/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1650717/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1797765/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1856508/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2045370/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:205309/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:795373/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2307405/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2362755/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2407744/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2413426/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2452111/62‑1 (MQ=255) tCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTAAGGAACCGATGgtgt  <  1:1959695/62‑1 (MQ=255) tCAAACGCTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:908176/62‑1 (MQ=255)  cAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2773355/61‑1 (MQ=255)  cAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2752600/61‑1 (MQ=255)  cAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2126470/61‑1 (MQ=255)  cAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1034002/61‑1 (MQ=255)     aCGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2694428/58‑1 (MQ=255)                  tACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:2632547/45‑1 (MQ=255)                            taaGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGgtgt  <  1:1210101/35‑1 (MQ=255)                                                              | TCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGT  >  minE/1407980‑1408041

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑