Missing coverage evidence...
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CCGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGC  >  minE/1538024‑1538083                                                            | ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:259440/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:923669/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:91822/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:664183/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:609159/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:563055/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:547101/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:356549/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:3272259/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:3177627/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:3101610/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:3013052/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:2881008/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:2758519/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1075016/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:2488108/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:2402498/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:2384772/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:2264432/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1971274/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1951491/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1699871/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:165101/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1641828/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1497354/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1391975/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1334335/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1272991/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:1157952/1‑60 (MQ=255) ccGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATAAGCCTGATTGc  >  1:2692215/1‑60 (MQ=255) ccGACTAGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGc  >  1:379230/1‑60 (MQ=255)                                                            | CCGACTGGGTTGCTTCGGCGTTTTCCGGCAATTTGTTGAGGTCGATATACGCCTGATTGC  >  minE/1538024‑1538083

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑