Missing coverage evidence...
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CTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCTTT  >  minE/1692550‑1692611                                                              | ctttCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:498910/59‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2660362/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1177940/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2674379/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2730165/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2734514/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:287064/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:3051556/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:3100815/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:3173345/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:3218568/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:606594/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:620344/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:703933/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:706204/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:722229/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:914176/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:923555/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:937779/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2587038/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1230699/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1320205/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1378987/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1402154/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1545982/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1554357/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1582152/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1592343/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1609165/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1851568/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:189870/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2281884/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2288701/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2386188/62‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2452703/62‑1 (MQ=255) cTGGCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:1174288/62‑1 (MQ=255)  tGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:261881/61‑1 (MQ=255)  tGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:2810506/61‑1 (MQ=255)   gTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:3013063/60‑1 (MQ=255)      gCTGAGTGTAATCGAGATTACCAAACCTCAACTCTTAATTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:975840/57‑1 (MQ=255)                    aCATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCttt  <  1:488838/43‑1 (MQ=255)                                                              | CTGTCGCTCAGTGTAATCGACATAACCAAACCTCAACTCTTATTTTGCTTCACGTTTGCTTT  >  minE/1692550‑1692611

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑