Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1700739	1700751	13	92 [0]	[0] 20	hcaR	DNA‑binding transcriptional regulator

AAAAATAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAT  >  minE/1700677‑1700738                                                              | aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3002736/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3217018/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3201192/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3149463/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3143155/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3142440/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3112004/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3088606/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3041591/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3036628/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3035193/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3004891/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3256296/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2920094/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:288547/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2733670/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2721070/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2686975/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2685274/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2667881/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2649540/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2642793/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2629529/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:71446/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:989494/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:975546/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:972859/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:971254/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:95022/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:939467/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:917684/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:901435/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:763337/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:751758/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:719917/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2580684/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:540168/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:501414/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:47216/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:438568/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:382656/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:37283/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:372145/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:371501/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:35310/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:3297709/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:154336/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:19229/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1900653/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1898096/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1889318/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1867580/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:177321/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1743606/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1639397/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1624936/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1590533/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1568720/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1931337/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1487591/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1484523/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1458953/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1394843/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1350816/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1298951/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1295276/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:127363/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1186776/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1034564/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2219834/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2558336/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2547588/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2530299/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2528418/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2506353/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:248787/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2371471/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2318325/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2303848/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2269082/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2226088/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:100451/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2216334/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:219755/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2176934/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2170451/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2151514/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2141518/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2102985/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2102009/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:2004568/1‑62 (MQ=255) aaaaaTAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAt  >  1:1968176/1‑62 (MQ=255)                                                              | AAAAATAATGCGTAATTATGCCGTTACGCTTGCCAAACGTTCCTGCACAATGGCGATGAAAT  >  minE/1700677‑1700738

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑