Missing coverage evidence...
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CCCCAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCG  >  minE/144058‑144107                                                  | ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:331284/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2328667/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2339764/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2567202/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2617960/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2767545/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2778410/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:284040/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2890630/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:3163248/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:3208345/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:3238200/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:3259370/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:222760/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:381883/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:431178/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:49095/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:661301/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:697804/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:792663/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:805386/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:895966/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:89733/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:907404/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:956350/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:960353/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1795173/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1101413/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1118522/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:11350/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1180423/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1194657/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1326490/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1340844/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1392868/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1648169/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1667340/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1738550/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1766647/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1081864/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1801826/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1818332/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:182939/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1843235/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1877679/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1914834/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:1927018/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:198996/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2000837/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2067541/1‑50 (MQ=255) ccccAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCg  >  1:2223121/1‑50 (MQ=255)                                                  | CCCCAGAAATTGAAGTGCCGCGATTAGTACCGGGCGTGGATCGCCTTTCG  >  minE/144058‑144107

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑