Missing coverage evidence...
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CTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTT  >  minE/1768223‑1768279                                                         | cTAAACGCGTCTGATCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1048413/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTTGTGTCtt  <  1:355499/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:600461/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:3003523/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:3068111/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:3133985/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:3168609/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:3180973/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:547549/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:549112/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:55481/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2887999/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:617028/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:670216/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:751484/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:888495/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:914282/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:926655/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:960454/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:997652/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2062814/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:102184/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1365679/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1477012/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1497727/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1569239/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1576423/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1680588/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1895643/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1923709/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:1020974/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2074978/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2210778/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2509362/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2553703/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2557472/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2608706/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2782019/57‑1 (MQ=255) cTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:2815392/57‑1 (MQ=255)  tAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:3203535/56‑1 (MQ=255)       gcgTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCtt  <  1:726316/51‑1 (MQ=255)                                                         | CTAAACGCGTCTGAGCCGGAACGGTTTTTGCCACAACCATCAGGCCAGTGGTGTCTT  >  minE/1768223‑1768279

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑