Missing coverage evidence...
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AGCTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAC  >  minE/1788394‑1788444                                                   | agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:3263741/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2654599/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2667372/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2719441/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:285117/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2947190/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:3066330/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:3135339/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:3205202/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2589890/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:3280533/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:402955/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:423371/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:469644/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:700340/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:812996/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:881222/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1886663/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1274815/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1286627/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1367620/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1557220/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1668672/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1855624/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1015596/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2032004/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2055239/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:219146/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2266481/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2277968/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2289532/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:247435/51‑1 (MQ=255) agcTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:2566917/51‑1 (MQ=255)   cTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:429837/49‑1 (MQ=255)     taataaCCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAc  <  1:1474052/47‑1 (MQ=255)                                                   | AGCTTAATAACCTGCTTAGAGCCCTCTCTCCCTAGCCTCCGCTCTTAGGAC  >  minE/1788394‑1788444

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑