Missing coverage evidence...
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CTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTC  >  minE/1793303‑1793364                                                              | cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGTGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1222340/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAGATGGCGGTTGCAACGCCCGATACCGGTTc  >  1:759262/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACTGGTTc  >  1:132511/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3062804/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2199742/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2281431/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:259064/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2660184/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2725489/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2733711/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2763881/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2764076/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2769673/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3004648/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3006536/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2170125/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3148431/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3223219/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3245687/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:3288267/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:414751/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:831167/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:924948/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1739981/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1045915/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1100845/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1243443/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1261909/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1265585/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1276778/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1405057/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1597532/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1722407/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2187739/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1740579/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1804014/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1816848/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1856586/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1975931/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2002909/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2024781/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:2105583/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1037647/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGCCGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:1839436/1‑62 (MQ=255) cTGGTGGTTATGATTATGAGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTc  >  1:319270/1‑62 (MQ=255)                                                              | CTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTC  >  minE/1793303‑1793364

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑