Missing coverage evidence...
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CGCTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACA  >  minE/1832156‑1832217                                                              | cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:677371/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1046493/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2647205/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2765807/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2931699/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2939464/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:3022478/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:3142217/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:528633/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:262382/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:6967/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:722804/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:743426/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:797755/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:798597/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:842170/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:880572/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:972209/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2508767/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1056888/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1080170/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1201560/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:139454/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1509265/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1559613/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1908673/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2106124/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2248351/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2326694/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2359132/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:248423/62‑1 (MQ=255) cgcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:2557104/62‑1 (MQ=255)  gcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1800280/61‑1 (MQ=255)  gcTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:176185/61‑1 (MQ=255)              tGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:1632002/49‑1 (MQ=255)                    aaGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACa  <  1:3082343/43‑1 (MQ=255)                                                              | CGCTCCTGTCCAGTGGTTGAAGCCACACAGCAATCGCTGGCGGCTCTGAGCTGGTTGCAACA  >  minE/1832156‑1832217

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑