Missing coverage evidence...
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GATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGT  >  minE/1847104‑1847165                                                              | gATTGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:684935/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAAGACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1733257/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGGCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:782023/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGGAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1184190/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2480136/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:800461/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2481605/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2548433/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2612029/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2731625/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2778153/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:28381/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2842517/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2901974/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:32129/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:327188/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:650361/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:728058/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:741943/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:762868/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:766735/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1167906/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:222203/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1216210/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1302038/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1339481/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1344069/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1364683/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1405898/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1507556/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1525641/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1669670/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1724076/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1805336/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1856248/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1899566/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1899730/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1920027/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1955970/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:1994540/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:207933/62‑1 (MQ=255) gATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2276515/62‑1 (MQ=255)                   gcAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGt  <  1:2916832/44‑1 (MQ=255)                                                              | GATGGTTATCAGCAACGCGCAAAAACACCTGCCTTCCCGGCGGGAAATAGCTGGCATGACGT  >  minE/1847104‑1847165

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑