Missing coverage evidence...
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CTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCA  >  minE/1878573‑1878634                                                              | cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:3170012/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:230888/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:942914/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:244970/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2506060/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2574535/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2640950/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2679839/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2692745/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:93047/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2925744/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:227515/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:3180824/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:334508/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:402285/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:405784/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:420126/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:815567/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:83702/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:924174/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:907944/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1541116/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1152729/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1204897/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1125352/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1245693/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1275704/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:132570/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1380551/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1453422/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1471955/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1516413/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1540915/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2210443/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1660201/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1760216/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:183209/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:193262/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1961878/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2055826/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:214678/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:21883/62‑1 (MQ=255) cTGAGTCGGTTTGGCTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2353853/62‑1 (MQ=255)  tGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:983665/61‑1 (MQ=255)  tGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:841383/61‑1 (MQ=255)  tGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2353086/61‑1 (MQ=255)  tGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGACATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:2840694/61‑1 (MQ=255)        ggtttggtttTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCa  <  1:1230157/55‑1 (MQ=255)                                                              | CTGAGTCGGTTTGGTTTTGACTTCACCAGACGCTGCCATGTACGGCACCAGCGTCAGGTGCA  >  minE/1878573‑1878634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑