Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1884005	1884061	57	44 [0]	[0] 21	rumA	23S rRNA (uracil‑5)‑methyltransferase

CAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGTT  >  minE/1883943‑1884004                                                              | cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:481711/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2435935/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:25232/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2570676/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:261826/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2854308/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:3127937/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:3291253/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:379756/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:432290/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:462986/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1030842/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:48680/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:573192/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:602048/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:722632/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:743529/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:823899/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:825379/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:864743/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:923630/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2295714/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1010617/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1132386/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1152745/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1276985/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1299280/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1324984/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1355443/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1431519/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1494193/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1554050/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1603120/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:170835/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1759001/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2050048/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2131734/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2134521/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2269949/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2328757/62‑1 (MQ=255) cAGACATGCCATGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:2035397/62‑1 (MQ=255) cAGACAAGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:583839/62‑1 (MQ=255)            tGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGtt  <  1:1295179/51‑1 (MQ=255)                           aTGCTTCAAGTTGGGGCGATAAAATGGGGCATTGtt  <  1:949434/36‑1 (MQ=255)                                                              | CAGACATGCCCTGACTTTGGGCAGCAATGCTTCAAGTTGGGGCGCTAAAATGGGGCATTGTT  >  minE/1883943‑1884004

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑