Missing coverage evidence...
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CGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGCACA  >  minE/1921653‑1921714                                                              | cGAGGAAAGTCGGGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGctca  <  1:1705560/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:32039/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2661587/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2661967/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2773107/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2806904/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2842182/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:297593/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:3006832/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:3026548/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:3131806/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1249471/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:3208292/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:412324/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:467526/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:585626/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:608312/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:660792/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:722599/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:915112/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2202889/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1373112/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1427966/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1464681/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1501622/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1515729/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1549886/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1757110/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1931503/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1974103/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2025575/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2044711/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2171432/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2201538/62‑1 (MQ=255) cGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGGCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:398014/62‑1 (MQ=255)  gAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:951924/61‑1 (MQ=255)     gAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2100312/58‑1 (MQ=255)            gAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:816102/51‑1 (MQ=255)            gAGGGGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:116466/51‑1 (MQ=255)              ggTGCCGAACTACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:996247/49‑1 (MQ=255)              ggTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:3239885/49‑1 (MQ=255)                      acaacaCGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:2595392/41‑1 (MQ=255)                       caagaCGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGcaca  <  1:1536693/40‑1 (MQ=255)                                                              | CGAGGAAAGTCGAGGTGCCGAACAACACGGTGCAACTGCGGTCATACACCAACTCCGGCACA  >  minE/1921653‑1921714

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑