Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1980616	1980672	57	50 [0]	[0] 84	yqgF	predicted Holliday junction resolvase

TTTGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAATT  >  minE/1980673‑1980729 |                                                         tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3101898/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:393740/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:335028/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3288196/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3285281/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3206810/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3203083/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3182907/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3180794/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3168483/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3104424/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:401056/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3093392/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3065146/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:3004333/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2963399/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2953471/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2915939/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2795521/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2791719/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2788041/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:76135/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:956657/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:952627/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:947412/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:906422/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:874666/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:84696/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:828608/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:82735/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:818616/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:810778/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2781954/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:750974/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:750846/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:719137/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:627433/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:583090/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:580513/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:42426/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:416043/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:412870/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1597482/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2047629/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1929956/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1866592/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1858726/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1778762/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1729652/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1716475/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1705832/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:168014/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1609974/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2095819/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1590122/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1536640/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1528285/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1407295/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1390253/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1313348/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1159459/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1133248/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1102476/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2507274/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2754796/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2723453/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2716561/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2680949/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2661670/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2644425/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2628493/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2594880/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2594548/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2571492/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:1015974/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:243559/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2403998/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2382147/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:237406/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2323100/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2258327/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2177447/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2158553/57‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAAtt  <  1:2096632/57‑1 (MQ=255) |                                                         TTTGCCGCTGAATATGGACGGCACCGAGCAACCATTGACTGCCAGAGCGCGTAAATT  >  minE/1980673‑1980729

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑