Missing coverage evidence...
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ATTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGGC  >  minE/2102395‑2102455 |                                                             aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGTATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1592864/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTggg   >  1:223342/1‑60 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTggg   >  1:801372/1‑60 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTggg   >  1:2433565/1‑60 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTggg   >  1:183216/1‑60 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2866351/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2404792/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2468563/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2612753/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2614653/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2626669/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2711851/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2794345/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2840027/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2366157/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:3038959/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:312391/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:3193582/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:39869/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:700754/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:93472/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:93631/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:183394/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1303525/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1446787/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1504474/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1598178/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:166590/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1720126/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1730503/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1106049/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:186552/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1890895/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1948862/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:197044/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:1976698/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2013206/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2131168/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGgc  >  1:2133261/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGATGGgc  >  1:74837/1‑61 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCAACAAAGGGTTAATg         >  1:1172000/1‑54 (MQ=255) aTTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGCATTTTCCACAAAGGGTTAATgg        >  1:2949170/1‑55 (MQ=255) |                                                             ATTGATGATGAGATTGGCGACGACGAATAATGGATTTTCCACAAAGGGTTAATGGTTGGGC  >  minE/2102395‑2102455

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑