Missing coverage evidence...
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GTGATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAG  >  minE/2193706‑2193746 |                                         gtgATAGTACACTTTTTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:371291/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCTGTTACAg  <  1:2562142/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:466555/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2718764/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2732057/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2734922/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2746644/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2869669/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:291032/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2957665/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2987667/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2998675/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:3091250/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:3267723/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:3274269/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2674295/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:499054/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:502367/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:503894/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:551920/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:59225/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:615410/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:620524/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:621335/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:817331/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:887377/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:903654/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:911793/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:948378/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1625609/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1038406/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1046930/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1067829/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1069803/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1148635/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1190114/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1190589/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1314700/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1392258/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1432936/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1453606/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1561472/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1622718/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1037600/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1667344/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1812102/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:1860669/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:186482/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2011068/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2029612/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2360782/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2396955/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2473539/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2526765/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2609987/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAg  <  1:2610221/41‑1 (MQ=255) gtgATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCCGTTACAg  <  1:3070336/41‑1 (MQ=255) |                                         GTGATAGTACACTTTGTCAGTACGCTTGTTGCCGGTTACAG  >  minE/2193706‑2193746

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑