Missing coverage evidence...
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CGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAGG  >  minE/2250450‑2250511 |                                                              cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:3243244/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2510949/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:263207/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2847113/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:290206/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:3086385/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:3087679/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:3097806/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:315355/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:3203411/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2441986/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:3289654/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:348747/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:369686/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:530812/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:605724/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:654193/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:668634/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:754821/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:76157/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1612202/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1136743/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1140263/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1185214/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1289585/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:135530/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1369626/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1468288/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1582390/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1584726/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1016956/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1766945/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1824662/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1885559/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:1908298/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2263264/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2300303/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2316865/62‑1 (MQ=255) cGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAgg  <  1:2339632/62‑1 (MQ=255) |                                                              CGGACCGGGCAGCCGCAGTTATTTTGCTCATGCCACCAGCCCGCTGACCGGATTTCTGGAGG  >  minE/2250450‑2250511

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑