Missing coverage evidence...
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AATGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATC  >  minE/2336848‑2336909 |                                                              aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2783494/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:969142/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:696736/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:610314/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:557638/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:531192/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:462718/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:3063553/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:3026635/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:3009584/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2978880/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2962527/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2864261/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2821516/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1051081/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2760751/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:263938/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:2447899/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:191537/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1892500/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1702918/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1670139/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1556631/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1304255/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1263050/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1215199/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1128199/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1095489/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATc  <  1:1077421/62‑1 (MQ=255) aaTGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTAATTATc  <  1:902185/62‑1 (MQ=255) |                                                              AATGCGTTTTCTGGGCGGCGATTATTTTCCTGGTTCTGCTGCTGGTGAGCGGCGTGATTATC  >  minE/2336848‑2336909

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑