Missing coverage evidence...
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CAATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGCTCT  >  minE/2346858‑2346895 |                                      caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3148614/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2502632/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2512779/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2526627/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2553715/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2577828/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:267633/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2771418/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2785731/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2805315/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3025039/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3127261/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2187101/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3209061/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3231339/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3236205/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:3252953/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:343538/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:353371/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:661873/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:705430/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:868453/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:924192/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:926177/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1600112/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1070229/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1131698/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1135411/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1250331/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:127735/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1282968/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1302497/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1396335/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1475070/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1503438/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1574287/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1001618/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1636695/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1661488/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1780465/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1797025/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:183813/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:1867252/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2003418/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2021214/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctct  >  1:2186370/1‑38 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctc   >  1:1922425/1‑37 (MQ=255) caATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGctc   >  1:1961883/1‑37 (MQ=255) |                                      CAATACGATCCAGTTTAGCATCCACCCAGGATTGCTCT  >  minE/2346858‑2346895

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑