Missing coverage evidence...
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GGCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGA  >  minE/2364480‑2364540 |                                                             ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCAt                >  1:971619/1‑47 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGccac          >  1:2450049/1‑53 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTgg   >  1:1054911/1‑60 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTgg   >  1:2275932/1‑60 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTg    >  1:572931/1‑59 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1098441/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:983400/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1046328/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:83635/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:825476/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:514252/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:3202540/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:300870/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2971480/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2788881/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2641839/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2514179/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:120369/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2377184/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1108232/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2110450/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:198293/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1890253/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1656131/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1581227/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1479858/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1477242/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1448532/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1319131/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:1247072/1‑61 (MQ=255) ggCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTAGCCATCGACACCACCTGGa  >  1:2792816/1‑61 (MQ=255) |                                                             GGCCAGCGGGCAATGCTGTCAGTTGTAAACCCGGCGGTTGTCGCCATCGACACCACCTGGA  >  minE/2364480‑2364540

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑