Missing coverage evidence...
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GGATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCTT  >  minE/2396513‑2396574 |                                                              ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACgcgca   >  1:2479894/1‑60 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:319295/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2712522/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2755447/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2790364/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2842089/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2848859/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2879914/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:3131629/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:3150396/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:3152189/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2565351/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:3205587/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:3284580/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:412003/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:448944/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:459744/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:516212/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:630713/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:874735/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:906274/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1868249/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1105425/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1151164/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1166781/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:144127/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1577775/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1593764/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1608750/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1672909/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:168162/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2639309/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1874300/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1899498/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2129603/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2272683/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2296985/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2336912/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2420165/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:2472231/1‑62 (MQ=255) ggATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCtt  >  1:1060166/1‑62 (MQ=255) |                                                              GGATTCGATATCTCGCAGGATTTCACGCGCCTGCTCCAGTTGCCCACCCGGTAAACGCGCTT  >  minE/2396513‑2396574

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑