Missing coverage evidence...
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ATACAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCG  >  minE/2406060‑2406121 |                                                              ataCTGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1528829/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2046914/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:878748/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:633178/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:558048/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:429288/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:344410/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:3243586/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:3193889/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:3149639/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2906823/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2784864/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:264382/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2433804/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2423362/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2301385/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2178185/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1031316/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:2018223/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1933894/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1781653/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1704058/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1699286/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1665228/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1607093/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1601324/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1535263/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1465466/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1390794/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1304853/62‑1 (MQ=255) ataCAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCg  <  1:1299058/62‑1 (MQ=255) |                                                              ATACAGATACCAACCTGAACGGTTAGCCCGGCCCGGCGGCACATAAATAAAGGTCAGATTCG  >  minE/2406060‑2406121

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑