Missing coverage evidence...
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CTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGTA  >  minE/2474493‑2474554 |                                                              cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:533997/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2679573/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2730080/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2765069/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:307003/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:3205377/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:39181/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:43155/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:507631/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2666354/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:586583/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:620716/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:768812/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:769963/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:811274/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:851424/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:876485/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:924249/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2029474/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:127930/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1457989/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1479976/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1566197/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1671775/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1714165/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1714419/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1780598/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1871854/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:1243216/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2128228/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:21599/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2202814/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2213952/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2312649/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2332820/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2346243/62‑1 (MQ=255) cTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGAGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGta  <  1:2927565/62‑1 (MQ=255) |                                                              CTGATCAAAGGCACCGACGTTGACCAGCCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGTA  >  minE/2474493‑2474554

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑