Missing coverage evidence...
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CATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTG  >  minE/2504113‑2504173 |                                                             cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:3231671/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2687473/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2741308/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2767511/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2945351/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:3074362/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:3120511/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:3175087/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:3176606/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:3220652/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2543888/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:32965/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:395279/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:408088/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:474196/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:532043/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:54971/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:57002/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:613700/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:632952/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1657373/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:129930/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1321490/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1355018/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1459680/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1463772/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1511819/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1544389/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1549370/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1653006/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1288112/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:1928601/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2046768/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2145313/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2162658/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2224625/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2265612/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2267702/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2411999/61‑1 (MQ=255) cATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTg  <  1:2539074/61‑1 (MQ=255) |                                                             CATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTG  >  minE/2504113‑2504173

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑