Missing coverage evidence...
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ATCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGATTT  >  minE/2542946‑2543007 |                                                              aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:3204958/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:264103/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2737158/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2789254/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2804687/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2826695/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2944070/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:3013493/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:303646/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:3154471/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:3198786/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2628337/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:357071/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:412262/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:537662/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:638733/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:681972/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:786934/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:817271/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:841818/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:873957/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:9570/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:203536/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1047954/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1205041/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1296250/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1393529/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1464729/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:160214/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1793312/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1856439/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1894334/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1018581/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2059554/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2143937/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:22603/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2373185/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2386558/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2426718/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2506218/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:2615324/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAtt   >  1:231646/1‑61 (MQ=255) aTCGAAACACTACCATTTGATGAGATTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGAttt  >  1:1359416/1‑62 (MQ=255) |                                                              ATCGAAACACTACCATTTGATGAGTTTATTTATACCGTTGCGTTGACCAAGTATAGTGATTT  >  minE/2542946‑2543007

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑