Missing coverage evidence...
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CAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATA  >  minE/2710570‑2710630 |                                                             cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCtt               >  1:932289/1‑48 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCtt               >  1:2197989/1‑48 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGt        >  1:2659938/1‑55 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCAt   >  1:1769984/1‑60 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2966767/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2522647/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2680317/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2707794/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2818475/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2862540/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2949342/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2434987/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:3155247/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:3281123/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:333908/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:392936/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:481877/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:959044/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2499807/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1086063/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2393939/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2381000/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2194898/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2144774/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:2135760/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1624899/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1615166/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1400074/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1349732/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:121864/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1169002/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATa  >  1:1162299/1‑61 (MQ=255) cAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTACCATa  >  1:2342110/1‑61 (MQ=255) |                                                             CAGCCGTTTCAGTTTGATTAAATTTGTCCGCAACCGGACGATTCGCTTTCGGCGTAGCATA  >  minE/2710570‑2710630

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑