Missing coverage evidence...
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ATGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCA  >  minE/2735286‑2735326 |                                         aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:387604/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2889427/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2959596/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2995320/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:3053234/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:3078670/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:3142645/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:317785/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:3194279/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:3223827/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:3250585/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2723209/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:447917/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:518850/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:635882/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:65028/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:716820/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:762589/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:847642/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:914352/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:990714/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:997234/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2000330/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1298821/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:147628/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1500236/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1659009/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1770408/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:184918/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1881513/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1940429/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1944174/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1972478/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:1088775/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2191551/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2213698/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:228087/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2398576/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2420443/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2436320/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2469265/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2562263/41‑1 (MQ=255) aTGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCa  <  1:2606842/41‑1 (MQ=255) |                                         ATGGACCGCATGGGTGCGAACTTCCTGAAAGTTGTTAACCA  >  minE/2735286‑2735326

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑