Missing coverage evidence...
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ACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGC  >  minE/246480‑246540 |                                                             aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGTGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1184726/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCtg              >  1:947104/1‑49 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCg   >  1:1200413/1‑60 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:383160/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2424334/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2529503/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2930707/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:3171430/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:3174127/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:3178808/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:3239815/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:335898/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2343937/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:401910/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:67037/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:678904/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:760062/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:762976/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:915266/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1336638/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1356574/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2310628/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:230451/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2146844/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1917916/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1860111/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1795879/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1731022/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1707224/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1650479/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1641319/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1568451/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1562065/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1523412/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:1408906/1‑61 (MQ=255) aCTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTAATGGTGGCTGTGGGTGGATCGc  >  1:2192425/1‑61 (MQ=255) |                                                             ACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGC  >  minE/246480‑246540

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑