Missing coverage evidence...
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TTGTTGGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCG  >  minE/2826271‑2826330 |                                                            ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGTCGGATAACAGAAACCg  <  1:2593952/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAActg  <  1:2645630/60‑3 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:3179170/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:234333/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2414086/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2456777/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2594737/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2658480/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2883131/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2907132/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:306164/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2317332/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:3186265/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:3207942/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:326335/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:436758/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:524398/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:552175/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:657736/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:804170/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:962703/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:981680/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1859154/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1279468/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1308504/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1322006/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1468171/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1481238/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1671844/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1693796/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1713893/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1838476/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1839730/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1149525/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1862403/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1882587/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:1967336/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2061374/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2117925/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2160970/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2169557/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2229870/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2274354/60‑1 (MQ=255) ttgttgGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCg  <  1:2293933/60‑1 (MQ=255) |                                                            TTGTTGGCGACCACTTCGCTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCG  >  minE/2826271‑2826330

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑