Missing coverage evidence...
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TGCTTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGCT  >  minE/2903955‑2903992 |                                      tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATgcgc   >  1:284432/1‑37 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATgcgc   >  1:1155805/1‑37 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATgcgc   >  1:1278086/1‑37 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATgcg    >  1:3244160/1‑36 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:43053/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2807430/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2866518/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:3033423/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:3100421/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:3158367/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:3208909/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:359320/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:363432/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:367285/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:265945/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:469105/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:522715/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:581073/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:60170/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:607623/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:670644/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:705075/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:732938/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:757524/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1887140/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1137260/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1149357/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1339895/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1382910/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1401007/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1544710/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1545585/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1605957/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1621618/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1660865/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2713217/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1910258/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1958907/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2054259/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2191875/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2439727/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2451624/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2586256/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:2616804/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:262426/1‑38 (MQ=255) tgctTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGct  >  1:1088832/1‑38 (MQ=255) |                                      TGCTTTAGCTGCACGCAGAATCGCTTCTTTGATGCGCT  >  minE/2903955‑2903992

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑