Missing coverage evidence...
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GGCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGC  >  minE/2924937‑2924997 |                                                             ggCAGTCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:3121488/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTgg                 >  1:2756634/1‑46 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGCCCTGc  >  1:1771626/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGCCCTGc  >  1:3220605/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTg   >  1:2864307/1‑60 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:631509/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:126184/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:521207/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:495494/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:476977/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:399068/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:348481/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:3220101/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:3196805/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:3056685/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:28546/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:2774008/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:2683262/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:2543271/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:2491682/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:218110/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:2123599/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:1838084/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:1728872/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:1422030/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGc  >  1:1387725/1‑61 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCCACCTga  >  1:3195230/1‑60 (MQ=255) ggCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACAGACCTGc  >  1:2996203/1‑61 (MQ=255) |                                                             GGCAATCTTGCGCTCAACGACCATCTGGGTAGCGATCCCGGCGTGGTCAGTACCGACCTGC  >  minE/2924937‑2924997

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑